התל נחפר החל משנת 1972 ע"י אוניברסיטת תל-אביב, בראשות פרופסור כוכבי, ובעזרת סטודנטים ומתנדבים מהארץ מחוצה לה.
אפק הינו אחד התילים הגדולים בארץ בו נמשכת רציפות הישוב כמעט 5000 שנה. חשיבות המקום נובעת מעובדת היותו על "דרך-הים" - אותה דרך בינלאומית שבאה במצרים לממלכות הצפון.
בהגיע הדרך לאיזור זה נתקלה בירקון ובביצותיו, ונאלצה לסטות עד לשטח הצר שבין מעיינות הירקון ורכס הגבעות במזרח. זו אותה רצועה צרה שנקראת "מעבר-אפק" וממשיכה לאורך רכסי-הגבעות לעבר העמק וצפונה.
דרך זו, שחשיבותה רבה לאורך כל תקופות ההיסטוריה, משמשת מעבר לצבאות מצפון לדרום ולהיפך, מ"רחבי המארות המצרים" המתארים את מסעו של פרעה תחותימס השלישי, אנו למדים שגם אפק נכללה במסע זה.
באיזור זה נערך הקרב הגדול בין הפלישתים לישראלים - קרב בו נלקח "ארון הברית" בשבי ע"י הפלישתים. גם בתקופה ההלניסטית (יוונית) הנקראת בימי שאול, מתנהל קרב במקום.
בתקופת השלטון הרומי, הורדוס שליט יהודה בונה את אפק בין ירושלים וקיסריה, ומכנה את העיר על שם אביו אנטיפטרוס.בתקופה התורכית נקרא המקום בשם "בינאר-באשי", שפירושו ראש המעיינות. פה נערכו האנגלים נגד התורכים והדפום צפונה.
הסיור בתל: נעלה ממגרש החניה ונעבור דרך מבנים שהוקמו ע"י הצבא הבריטי ושימשו עד מלחמת ששת הימים את משמר הגבול, ובשנת 1972 שימשוכמגורים לחופרים ולמתנדבים שעסקו בחפירות התל. נגיע בקצה החורשה, אל שרידי החאן, נעבור בפירצה שבחומה ונגיע אל מרכז החאן. כאן נבחין בחפירות - פה נחשפו מבנים מתקופת הברונזה התיכונה. אלה שרידיו של ארמון מפואר בעל קירות עבים ושורה של מדרגות, המעידה שלבית היתה קומה נוספת.
מדרום לארמון נחשפו שרידים מהתקופה הישראלית, מבנים הנראים כאולמות ארוכים. בתוכם נמצאו כלים רבים, מהם כלי אחסנה וכלי בישול. במרכז התל נחשפו שריד מהתקופה הרומית: רחוב מרוצף ומשני צידיו שתי שורות של חנויות. קצהו מסתיים ברחבה מאותה תקופה ובצידה מבנים בהם נמצאו רצפת פסיפס. הממשיך לרדת במדרגות, יבחין בשרידי צינורות מים ובוב מתקופה זו.
נחזור אל חומות ה"חאן", הבנויות באבנים בגדלים שונים. אלה אבנם מתקופות שונות שנעשה בהן שימוש מישני ע"י הממלוכים. החומה בקטע זה שופצה ע"י רשות הגנים הלאומיים. בקצה החומה מגדל מתומן. למעלה תצפית מרהיבה ביופיה של כל מישור החוף הדרומי וגוש-דן. הפונה מזרחה יבחין ברכסי הגבעות במצודת מגדל צדק ובמחצבות שומאלה ברא-העין. משם, נחזור לחניה ולפארק ולמתקני הספורט.