עם הקמת המדינה החלו מנהיגיה לדאוג להקמת מערכת בריאות ארצית. אחת השאלות השנויות במחלוקת הייתה מקומה של קופ"ח הכללית במערך הבריאות של המדינה החדשה.
ראש הממשלה הראשון, דוד בן גוריון, חשב כי יש לעצב מחדש את מערכת הבריאות שפעלה אז בארץ, ולהתאימה למסגרת ממלכתית אחת, כפי שנעשה הדבר במערכות החינוך והסעד. מנהיגים נוספים, אנשי ציבור ורופאים הסכימו עמו. אבל קופ"ח התנגדה לאיחוד כל שירותי הבריאות תחת קורת גג אחת.
בסופו של דבר גובשו במדינה הצעירה שתי מערכות בריאות עיקריות מקבילות הקיימות עד היום - שירותי בריאותשל קופ"ח כללית, לצד צירותי הבריאות של משרד הבריאות.
