בית הספר עין גנים ממוקם בשכונת עין גנים, ברחוב עין גנים.
בית הספר בגלגולו המקורי הוקם בשנת 1910 בשני חדרים במבנה המחלבה של בית משפחת פרלמן שהיה ממוקם בסמוך למבנה בית הספר הנוכחי וכנראה משמש היום כחדר המורים.
בכל חדר למדו שתי כיתות יחדיו, באחד כיתות א'-ב' ובשני כיתות ג'-ד'.
בית הספר פעל כך שנים בודדות ואז החלו תלמידי המושב ללמוד בבית ספר פיק"א שפעל ברח' רוטשילד 84 וזאת עד להקמת בית הספר הנוכחי ברח' עין גנים בדצמבר 1963 (חנוכה).
בית הספר נקרא על שם מושב הפועלים הראשון בארץ ישראל עין גנים שהוקם סמוך למושבה פתח תקוה בשנת 1912. בני המושב השתתפו במאבק על הקמת המדינה ומתוכם נפלו חללים שלזכרם הוקמה מצבת זיכרון ליד בית הספר. המושב התחבר לפתח תקוה עם הפיכתה לעיר וכיום הוא הרחוב עין גנים.
סמל בית הספר נבחר ועוצב ע"י הורים, מורים ותלמידים בשיתוף אשר בו נבחרו הערכים המשותפים לכל באי בית הספר. הערכים שולבו והיוו מסד לאמנה הבית-ספרית, וקיבלו ביטוי גרפי בסמל.
בשנים הראשונות כלל בית הספר שש כיתות וכ-200 תלמידים.
כיום כולל בית הספר כ-19 כיתות ו-570 תלמידים.
בית הספר מכיל 4 מבנים שכוללים: ספריה, חדרי הנהלה, חדרי מעבדה, כיתות לימוד, חדר מורים ואולם התעמלות.
המנהל הראשון של בית הספר היה מר זאבר בארי שמילא תפקיד זה 15 שנים.
